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合成生物学共 33 篇
合成生物学基础研究Nucleic acids research

Cascading recombinase memory switch for programmable and stable gene expression in Pseudomonas putida.

2 次引用趋势数据不足

本研究针对模式细菌基因线路在非模式宿主中表现不佳的问题,在恶臭假单胞菌中构建了基于整合酶的级联翻转开关,以实现一致且可编程的基因表达。该系统将驱动Bxb1丝氨酸整合酶的鼠李糖诱导触发模块与紧凑绝缘的倒位模块耦合,提供二元开关状态;通过控制正交T7 RNA聚合酶基因表达激活可替换的PT7驱动目标模块。翻译水平调控使关闭状态严密、诱导强烈,切换高效且去除诱导剂后表型稳定,可作为遗传记忆元件。该系统进一步调控超活性双鸟苷酸环化酶以触发生物膜形成,并在2-氟顺,顺-粘康酸生产菌株中实现连续模式下由开关介导的催化生物膜稳定生产。

为什么值得关注

AI 辅助短评,基于标题和摘要整理

该研究针对遗传电路在非模式宿主恶臭假单胞菌中表现不佳的问题,构建整合酶级联开关,实现可编程、稳定的基因表达与遗传记忆。其价值在于将记忆元件与生物膜表型及连续生产耦合,拓展了假单胞菌合成生物学工具,但性能仍限于该宿主与特定产物场景。

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完整作者

Javier M Hernández-Sancho、Daniel C Volke、Pablo I Nikel

作者机构

  • BRIGHT, Technical University of Denmark, 2800 Kongens Lyngby, Denmark.

技术路线

数据/样本:以Pseudomonas putida为宿主,构建基于Bxb1丝氨酸整合酶的级联双稳态开关,由鼠李糖诱导模块驱动,连接绝缘倒位模块产生二元OFF/ON转录状态;开关控制正交T7 RNA聚合酶基因以激活可替换的PT7靶模块;对整合酶与T7 RNA聚合酶基因进行翻译水平调谐。分析:评估开关效率、OFF态紧密性、诱导强度及去除诱导剂后的表型稳定性(遗传记忆)。验证:通过调控超活跃二鸟苷酸环化酶触发生物膜形成,并在2-氟顺,顺-黏康酸生产菌株中实现连续模式下开关介导的催化生物膜稳定产化。

最近 5 个完整年度引用趋势

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不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 03:51
合成生物学基础研究Nucleic acids research

Engineered suppressor tRNAs enable precise translational control of genetic circuits in E. coli.

1 次引用趋势数据不足

本研究针对合成生物学中基因回路翻译水平精准调控工具匮乏的问题,在大肠杆菌中工程化改造携带天然氨基酸的抑制性tRNA(sup-tRNA),以实现可编程的无义突变通读。对20种变体的筛选揭示了明确的设计规则:通读效率取决于天然tRNA反密码子与琥珀密码子(CUA)的相似性,因其可保留与天然氨酰-tRNA合成酶的相互作用。在基于LacI的生物传感器中,sup-tRNA调控使背景泄漏降低逾77%,诱导动态范围提高4.3倍(由6.67增至28.68)。通过靶向调控pykA与pykF动态平衡糖酵解通量,N-乙酰神经氨酸产量提高66%(由5.33增至8.82 g/l),且不影响细胞生长。研究表明,工程化携带天然氨基酸的sup-tRNA可作为基因回路中精准翻译控制的多功能、高效且经济的平台,为生物传感器优化与代谢工程提供新途径。

为什么值得关注

编辑短评

合成生物学缺少易用的翻译调控工具,转录诱导系统普遍泄漏;该研究系统构建天然氨基酸加载的琥珀抑制 tRNA,明确通读效率的设计规律,可在翻译水平可控开关基因表达,显著降低传感器本底、动态平衡代谢通量,为遗传回路提供新的正交调控维度。

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完整作者

Xiaotong Wang、Jianping Xu、Yipeng Wang、Qingsheng Qi、Zhiguo Wang、Qian Wang

作者机构

  • National Glycoengineering Research Center, Shandong University, Qingdao 266237, P. R. China.
  • State Key Laboratory of Microbial Technology, Shandong University, Qingdao 266237, P. R. China.
  • Zhejiang Key Laboratory of Medical Epigenetics, Institute of Aging Research, School of Basic Medical Sciences, Hangzhou Normal University, Hangzhou 311121, P. R. China.

技术路线

数据/样本:20种sup-tRNA变体;分析:比较变体读通效率,归纳设计规则(反密码子与CUA相似性);应用:LacI生物传感器、pykA/pykF调控的N-乙酰神经氨酸合成;验证:原文未报告独立正交性或脱靶验证

最近 5 个完整年度引用趋势

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不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 03:50
合成生物学基础研究Nature biotechnology

Programmable, multiplexed and orthogonal gene control in bacteria with attenuated Cas13d systems.

0 次引用趋势数据不足

基于Cas13的RNA效应器可实现细菌中动态、多重且可逆的基因调控,但其应用受固有细胞毒性和旁切活性限制。研究提出理性蛋白质工程策略,通过靶向截短柔性区域,生成具有可调RNase活性的减毒Cas13d变体,在有效敲低转录本的同时显著降低毒性,生长光密度提高2.2倍。通过在CRISPR RNA间隔序列5'端引入近端错配,该系统可在翻译抑制、多顺反子mRNA降解和基于IF3融合的翻译水平CRISPR激活之间切换。研究展示了对多顺反子mRNA及合成回路中单个基因的可编程、正交和多重组调控。应用于番茄红素生物合成优化时,该系统在大肠杆菌中实现稳健的途径重构和产量提升,并可精细调节必需及竞争途径。

为什么值得关注

编辑短评

野生型 Cas13d 在细菌中因旁切毒性难以使用;该研究构建减活 Cas13d(SONAR),通过 crRNA 设计在同一蛋白上实现 RNA 降解、翻译抑制、翻译激活,支持多顺反子内多路正交调控,用于代谢通路精细优化。

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完整作者

Shengkun Tong、Yuxi Qin、Yaqian Sun、Yaojie Gao、Muyi Song、Tao Fang、Yaojun Tong

作者机构

  • State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic and Developmental Sciences, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China.
  • State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic and Developmental Sciences, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. yaojun.tong@sjtu.edu.cn.

技术路线

理性蛋白质工程(截短柔性区)构建减毒Cas13d变体 → 生长密度与转录本敲低评估

最近 5 个完整年度引用趋势

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不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 03:51
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