MIMIC-IV(重症监护医学数据库)
MIT 主导的重症 ICU 电子病历数据库,收录 2008-2019 年多院数据、30 万+患者,是重症医学领域发文最多的公共数据集。
把 NHANES、TCGA、GEO、MIMIC-IV、KEGG、STRING 等常用数据库的申请、下载、使用套路,做成可检索的攻略站。
MIT 主导的重症 ICU 电子病历数据库,收录 2008-2019 年多院数据、30 万+患者,是重症医学领域发文最多的公共数据集。
美国 CDC 主持的全国代表性人群调查,"问卷 + 体检 + 实验室检查"三位一体,是当前中国医生发文量最大的公共数据库。
美国 NCI 的肿瘤登记数据库,覆盖约 34.6% 美国人口,含人口学、肿瘤部位/分期/大小、诊疗与随访生存信息,无测序数据。
ENCODE 项目系统鉴定了人类和小鼠基因组中的功能元件,提供 ChIP-seq、ATAC-seq、DNase-seq、RNA-seq、Hi-C 等表观基因组数据。
NCBI 的基因表达综合数据库,收录全球研究者提交的高通量基因表达、甲基化、单细胞测序等原始与处理后数据。
美国 NIH 资助的基因型-组织表达项目,提供 54 个正常人体组织的 RNA-seq / eQTL 数据,是研究组织特异性表达和调控的重要参考。
NCBI 的序列读取档案,是全球最大的高通量测序原始数据仓库,存储来自 GEO/EBI/DDBJ 的原始 reads。
美国 NCI 主导的癌症基因组图谱项目,整合 33 种癌症类型的基因组、转录组、甲基化及临床随访数据,是肿瘤组学研究的基石数据库。
UCSC Genome Browser 是最常用的真核生物基因组浏览器,整合基因组注释、变异、保守性、表观遗传等多层轨道数据。
KEGG 是系统分析基因功能、代谢通路和生物系统的知识库,提供通路、疾病、药物、酶等信息。
STRING 整合实验、预测和文献证据,提供蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络与功能富集分析。
PDB(Protein Data Bank)是国际上唯一的生物大分子三维结构公共数据库,收录蛋白、核酸及复合物晶体/NMR/冷冻电镜结构。
一句话看懂每个数据库是干什么的、适不适合自己的课题。
汇总 MIMIC、SEER、GISAID 等需要申请数据库的通过要点与常见拒因。
TCGA、GEO、SRA、dbSNP 等数据从入口到批量下载的完整路径。