KEGG（京都基因与基因组百科全书）

一句话定义

KEGG 是系统分析基因功能、代谢通路和生物系统的知识库，提供通路、疾病、药物、酶等信息。

数据内容

PATHWAY（代谢/信号/疾病通路）、GENES/ORTHOLOGY、DISEASE、DRUG、REACTION、MODULE、BRITE 层级。

覆盖人群与样本量

覆盖数千物种、数百条通路、数万个基因/化合物。

更新频率

持续更新，通路图和注释会随研究进展调整。

适合的研究类型与科室

通路富集分析、代谢组、药物靶点、功能注释；适合肿瘤、代谢、药理、多组学。

发文热度

极高，是通路富集分析的默认数据库。

申请/使用步骤

1. 访问 KEGG 主页 https://www.kegg.jp/ 或 https://www.genome.jp/kegg/。
2. 免费查询通路图、KO 注释和疾病信息。
3. 若需批量下载或 API 调用（如 KEGG REST API），学术机构建议订阅 KEGG FTP。
4. 在 R/Python 中使用 clusterProfiler、pathview 等包做 KEGG 富集与可视化。

常见卡点与拒因

• 商业用途需购买授权，学术使用虽然免费但批量下载有限制。
• 基因 ID 与 KEGG ID 映射错误导致富集结果偏差。
• 通路注释基于已知研究，新基因/新机制可能未收录。