PDB（蛋白质结构数据库）

一句话定义

PDB（Protein Data Bank）是国际上唯一的生物大分子三维结构公共数据库，收录蛋白、核酸及复合物晶体/NMR/冷冻电镜结构。

数据内容

三维结构坐标（PDB/mmCIF 格式）、实验方法、分辨率、配体信息、结构因子、电子密度图。

覆盖人群与样本量

超过 20 万个大分子结构，覆盖人类及模式生物关键蛋白。

更新频率

每周更新，持续新增结构。

适合的研究类型与科室

结构生物学、药物设计、突变功能预测、分子对接；适合药理、生物物理、结构生物信息学。

发文热度

高，是结构功能研究的必备数据源。

申请/使用步骤

1. 访问 RCSB PDB（https://www.rcsb.org/）。
2. 搜索蛋白名、PDB ID 或 Uniprot ID。
3. 进入结构页面，下载 PDB 或 mmCIF 文件。
4. 使用 PyMOL、ChimeraX、Swiss-PdbViewer 等工具可视化。
5. 进行分子对接或突变分析时，注意选择高分辨率、配体完整的结构。

常见卡点与拒因

• 未检查结构分辨率、R-free/R-work 质量指标。
• 选择了非活性构象或缺失关键结构域的条目。
• 未区分晶体结构与同源建模结构。