STRING（蛋白互作网络数据库）

一句话定义

STRING 整合实验、预测和文献证据，提供蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络与功能富集分析。

数据内容

蛋白互作网络、互作证据类型（实验、数据库、文本挖掘、共表达、共定位、基因邻域、基因融合）、功能富集、互作评分。

覆盖人群与样本量

覆盖 5090 个物种、超过 2 亿个蛋白节点/互作关系。

更新频率

定期更新，近年版本持续扩展。

适合的研究类型与科室

PPI 网络构建、关键基因/Hub 基因识别、功能模块、药物靶点预测；适合肿瘤、神经、免疫、药学。

发文热度

高，是 PPI 网络分析的标配。

申请/使用步骤

1. 访问 https://string-db.org/，选择物种（如 Homo sapiens）。
2. 输入基因列表或蛋白名称，生成互作网络。
3. 调整置信度阈值（默认 0.4），导出网络图和 TSV 互作表。
4. 使用 STRING API 或 R 包 STRINGdb 批量获取网络。
5. 结合 Cytoscape 进行网络拓扑与模块分析。

常见卡点与拒因

• 直接下载高置信度互作时未过滤实验证据。
• 把预测性互作等同于实验验证，导致结论偏软。
• 基因名未标准化（如别名、大小写）导致匹配失败。