Integration by parts: The multi-layered mechanisms of cis-regulatory control.
顺式调控元件(CREs)整合转录因子(TFs)信号以控制基因表达,但其信息处理机制尚不清楚。深度学习表明基因表达可由CRE序列预测。本文提出将CRE调控逻辑分为两层的框架:结合层面整合,即协作性TF相互作用调节DNA占据;转录层面整合,即TF效应结构域和辅因子将结合构型转化为表达。结合层面按特异性与通用性、对称与非对称正交轴对TF协作性分类,涵盖蛋白-蛋白相互作用、核小体竞争、先锋活性和辅助加载;转录层面辅因子相互作用产生加性、协同或拮抗逻辑。由此复杂性中浮现出反复出现的定量模式“乘法加饱和”,协调结合特异性与灵活性,解释短DNA基序如何产生精确表达并保持可演化性,为合成生物学和治疗应用提供依据。
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完整作者
Jake Cornwall-Scoones、James Briscoe、M Joaquina Delás
作者机构
- The Francis Crick Institute, Midland Road, London NW1 1AT, UK; Department of Cell and Developmental Biology (CDB), University College London, Gower St., London WC1E 6BT, UK; The Gurdon Institute, University of Cambridge, Tennis Court Rd., Cambridge CB2 1QN, UK. Electronic address: j.cornwallscoones@ucl.ac.uk.
- The Francis Crick Institute, Midland Road, London NW1 1AT, UK. Electronic address: james.briscoe@crick.ac.uk.
- Laboratory for Molecular Cell Biology, University College London, Gower Street, London WC1E 6BT, UK. Electronic address: j.delas@ucl.ac.uk.
技术路线
框架提出(无实验数据/样本) → 将CRE调控逻辑分为两层(结合水平:TF协同性按特异性与一般性、对称与非对称分类;转录水平:辅因子相互作用产生加和、协同或拮抗逻辑)
最近 5 个完整年度引用趋势
不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

为什么值得关注
暂未整理