ENCODE（DNA 调控元件百科全书）

一句话定义

ENCODE 项目系统鉴定了人类和小鼠基因组中的功能元件，提供 ChIP-seq、ATAC-seq、DNase-seq、RNA-seq、Hi-C 等表观基因组数据。

数据内容

转录因子/组蛋白 ChIP-seq、染色质可及性、DNA 甲基化、RNA 结合蛋白、三维基因组、注释文件（bed/bigWig）。

覆盖人群与样本量

以人类细胞系和少量原代组织为主，小鼠对应数据亦丰富。

更新频率

项目已完成主要阶段，Portal 持续维护并新增数据。

适合的研究类型与科室

表观遗传、转录调控、非编码区功能、CRISPR 筛选；适合肿瘤、发育、分子生物学。

发文热度

高，是表观遗传调控研究的核心参考。

申请/使用步骤

1. 访问 ENCODE Portal（https://www.encodeproject.org/）。
2. 搜索目标蛋白/细胞系/组织，筛选实验类型（Experiment）。
3. 选择符合标准的 released 数据，下载 bed/bigWig/FASTQ 文件。
4. 可批量下载 metadata.tsv 与文件列表，使用 encode_utils 或 curl 批量获取。
5. 用 IGV/UCSC 浏览器可视化 bigWig/bed 文件。

常见卡点与拒因

• 数据质量标签（audit）未查看，使用了被 flag 的实验。
• 未区分不同抗体、重复实验和生物重复。
• 文件格式多样，需理解 bed/bigWig/bam 的区别。