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公共数据库基础研究The journal of gene medicine

Pan-Cancer Landscape of TMEM9 With Experimental Validation in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma.

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跨膜蛋白9(TMEM9)与肿瘤进展相关,但其泛癌诊断、预后及免疫学意义尚未完全阐明。研究利用TCGA、GTEx及公共肿瘤数据库系统评估TMEM9的表达、诊断与预后价值、基因改变、功能状态及免疫关联,并在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)模型中通过Western blotting、集落形成、伤口愈合、Transwell及异种移植实验进行验证,同时在肾细胞癌(RCC)模型中进行探索性验证。结果显示,TMEM9在15个可评估癌队列中具有良好至高的诊断效能,CHOL(AUC=1.000)、KICH(0.970)、LIHC(0.949)、THYM(0.925)较高,BRCA亦具较强区分能力(AUC=0.890);其高表达与部分癌症不良生存相关,预后意义因肿瘤类型而异,并与癌症相关通路、功能状态、免疫细胞浸润及免疫调节基因表达呈背景依赖性关联。实验中,敲低TMEM9可抑制HNSC细胞集落形成、伤口闭合、迁移和侵袭,并抑制FaDu异种移植瘤生长;RCC探索模型亦见类似抑制效应。结论认为,TMEM9具有癌种依赖性的诊断、预后和免疫学关联,功能实验支持其在HNSC中发挥促肿瘤作用,RCC探索性实验提示该效应也可能见于特定肾癌细胞背景。

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AI 辅助短评,基于标题和摘要整理

该研究整合公共数据库系统描绘TMEM9泛癌诊断、预后与免疫关联,并在HNSC中通过敲低及多种功能实验提供促癌表型证据,设计层次较清晰。需注意诊断AUC源于公共队列,可能受样本构成与平台差异影响;预后关联呈癌种异质性。RCC结果仅为探索性,不能外推。结论宜限定于报告范围,泛癌免疫关联尚缺乏机制验证。

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完整作者

Mi Wang、Shangyan Ying、Chunyan Weng、Youfeng Li

作者机构

  • Department of Emergency, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Internal Medicine of Traditional Chinese Medicine, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Gastroenterology, The First Affiliated Hospital of Zhejiang Chinese Medical University (Zhejiang Provincial Hospital of Chinese Medicine), Hangzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Rehabilitation, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.

技术路线

TCGA/GTEx及公共癌症数据库多癌种表达、诊断与预后分析、遗传改变、功能状态与免疫关联分析→HNSC模型Western blotting、克隆形成、划痕愈合、Transwell及异种移植实验验证(RCC模型探索性验证)

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公共数据库基础研究Frontiers in oncology

Integrated transcriptomic and single-cell analyses define neuronal heterogeneity and PDIA4-associated malignancy in glioblastoma.

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胶质母细胞瘤(GBM)具有显著的细胞异质性及恶性细胞与微环境的复杂互作,但神经元群体对GBM进展和预后的贡献尚不明确。研究整合TCGA-GBM与GTEx的批量转录组数据及两个单细胞RNA测序数据集,采用差异表达分析、WGCNA、机器学习生存建模、CIBERSORT、GSEA、CopyKAT、MiloR、拟时序分析、GSVA、CellChat和pySCENIC等方法刻画预后基因及其细胞背景,并在U251和U87细胞中通过siRNA敲低PDIA4后行Western blotting、qPCR、Transwell侵袭、划痕愈合、集落形成和CCK-8实验。最终预后模型保留PDIA4、CAMK2N1、RPH3A、RAB11FIP4、DMTN、EPHB6、SLC47A2、ESM1和EMILIN2九个预后基因。单细胞分析显示这些基因具有不同的细胞分布,并鉴定出GBM中富集的肿瘤相关神经元群体;拟时序分析揭示正常与肿瘤相关神经元状态间的转录差异,CellChat预测神经元群体与GBM细胞间NRXN-NLGN通讯发生改变。免疫解卷积显示多个预后基因与免疫细胞组成相关,其中PDIA4与活化NK细胞呈负相关。实验中PDIA4在U251和U87细胞中的表达高于SVG p12细胞,敲低PDIA4可降低两株GBM细胞的克隆生长、侵袭、划痕愈合及CCK-8代谢活性读数。研究将GBM预后与肿瘤微环境中独特的神经元和免疫特征相联系,将九基因预后特征置于GBM细胞结构中,并提示肿瘤相关神经元状态可能是预后肿瘤生态系统的组成部分;PDIA4敲低为该特征某一组分提供了功能支持,预测的NRXN-NLGN网络则为神经元-GBM通讯提供了待研究途径。

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