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公共数据库基础研究The journal of gene medicine

Pan-Cancer Landscape of TMEM9 With Experimental Validation in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma.

暂无引用数据

跨膜蛋白9(TMEM9)与肿瘤进展相关,但其泛癌诊断、预后及免疫学意义尚未完全阐明。研究利用TCGA、GTEx及公共肿瘤数据库系统评估TMEM9的表达、诊断与预后价值、基因改变、功能状态及免疫关联,并在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)模型中通过Western blotting、集落形成、伤口愈合、Transwell及异种移植实验进行验证,同时在肾细胞癌(RCC)模型中进行探索性验证。结果显示,TMEM9在15个可评估癌队列中具有良好至高的诊断效能,CHOL(AUC=1.000)、KICH(0.970)、LIHC(0.949)、THYM(0.925)较高,BRCA亦具较强区分能力(AUC=0.890);其高表达与部分癌症不良生存相关,预后意义因肿瘤类型而异,并与癌症相关通路、功能状态、免疫细胞浸润及免疫调节基因表达呈背景依赖性关联。实验中,敲低TMEM9可抑制HNSC细胞集落形成、伤口闭合、迁移和侵袭,并抑制FaDu异种移植瘤生长;RCC探索模型亦见类似抑制效应。结论认为,TMEM9具有癌种依赖性的诊断、预后和免疫学关联,功能实验支持其在HNSC中发挥促肿瘤作用,RCC探索性实验提示该效应也可能见于特定肾癌细胞背景。

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该研究整合公共数据库系统描绘TMEM9泛癌诊断、预后与免疫关联,并在HNSC中通过敲低及多种功能实验提供促癌表型证据,设计层次较清晰。需注意诊断AUC源于公共队列,可能受样本构成与平台差异影响;预后关联呈癌种异质性。RCC结果仅为探索性,不能外推。结论宜限定于报告范围,泛癌免疫关联尚缺乏机制验证。

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Mi Wang、Shangyan Ying、Chunyan Weng、Youfeng Li

作者机构

  • Department of Emergency, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Internal Medicine of Traditional Chinese Medicine, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Gastroenterology, The First Affiliated Hospital of Zhejiang Chinese Medical University (Zhejiang Provincial Hospital of Chinese Medicine), Hangzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Rehabilitation, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.

技术路线

TCGA/GTEx及公共癌症数据库多癌种表达、诊断与预后分析、遗传改变、功能状态与免疫关联分析→HNSC模型Western blotting、克隆形成、划痕愈合、Transwell及异种移植实验验证(RCC模型探索性验证)

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公共数据库临床研究The journal of gene medicine

Identification of a Glycosylation-Related Gene Prognostic Signature for Non-Small Cell Lung Cancer.

0 次引用趋势数据不足

通过识别和整合糖基化相关基因,构建非小细胞肺癌预后模型。基于TCGA的LUAD和LUSC RNA-seq数据,将糖基化相关基因与差异表达基因取交集,经Cox和LASSO回归筛选预后基因并建立风险模型,比较不同风险组免疫微环境及免疫治疗反应,构建miRNA-mRNA-转录因子网络并预测潜在药物。共识别134个差异表达糖基化相关基因,选取ADAMTS15、PCSK9、MUC2、B3GNT3等10个基因构建预后模型,该模型可作为独立预后因素,高风险患者免疫治疗反应较差。调控网络包含30个转录因子和142个miRNA,预测107对药物-靶点关系。ADAMTS15在NSCLC中表达升高,敲低后可抑制LUAD和LUSC细胞模型的增殖、迁移和侵袭。研究表明,基于糖基化相关基因的10基因预后模型及ADAMTS15的促癌作用,可为NSCLC预后评估和靶向治疗提供依据。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 02:32
公共数据库临床研究PloS one

Elucidating the toxicogenomic mechanisms of DBP exposure on Hepatocellular carcinoma through network toxicology and molecular docking analysis.

暂无引用数据

本研究采用网络毒理学与生物信息学方法,探讨邻苯二甲酸二丁酯(DBP)参与肝细胞癌(HCC)发病的分子机制。通过ADMETLAB 3.0和ProTox3评估DBP致癌潜力,从ChEMBL、SwissTargetPrediction和PharmMapper获取DBP相关靶点,从GeneCards和OMIM获取HCC相关靶点,经Venn分析识别出242个重叠基因。PPI网络分析确定KRAS、GRB2、ESR1、HSP90AA1、SRC、EGFR和TP53共7个枢纽基因,富集分析显示其显著参与癌症相关通路。TCGA与GEO数据验证GRB2、ESR1、HSP90AA1和SRC在HCC组织中显著失调并与患者生存相关,预后模型预测准确性良好。单细胞分析显示ESR1(肝细胞)和HSP90AA1(免疫细胞)呈特异性表达模式。分子对接显示DBP与ESR1和HSP90AA1稳定结合,结合能分别为-6.8和-6.1 kcal/mol,分子动力学模拟支持复合物稳定性,范德华力为主要结合力。研究提示DBP暴露可能通过调控核心基因和通路参与HCC发病,但结果仅为关联性,尚需实验验证;ESR1和HSP90AA1等枢纽基因可作为潜在生物标志物和靶点。

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Dafei Dai、Nianzhao Yang、Fubao Liu、Xiaopeng Chen

作者机构

  • Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Anhui Medical University, Hefei, Anhui, China.
  • Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Wannan Medical College (Yijishan Hospital of Wannan Medical College), Wuhu, Anhui, China.

技术路线

数据/样本:ChEMBL、SwissTargetPrediction、PharmMapper获取DBP相关靶点,GeneCards、OMIM获取HCC相关靶点;TCGA-LIHC与GEO GSE39791用于表达验证和生存分析;GSE299340单细胞数据;ADMETLAB 3.0与ProTox3评估致癌潜力。分析:Venn分析重叠基因;STRING构建PPI网络,Cytoscape识别hub基因;DAVID进行GO/KEGG富集;构建预后列线图;Seurat分析单细胞表达。验证:分子对接与分子动力学模拟评估DBP与核心靶点结合稳定性(原文为计算模拟,非实验验证)。

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数据来源:暂未标注更新时间:暂无更新时间
公共数据库基础研究Brain research

RAD51 expression in pan-cancer and its prognostic and immune mechanisms in glioma.

暂无引用数据

胶质瘤是一种异质性恶性颅内肿瘤,预后差,缺乏有效的诊断和预后生物标志物。DNA修复基因RAD51参与肿瘤进展,但其在胶质瘤中的临床功能和免疫调节机制尚不明确。本研究利用TCGA、CGGA325和CGGA693胶质瘤队列数据分析RAD51表达及其与临床病理特征和预后的关系,并通过ROC曲线、生存分析、Cox回归和列线图建模进行临床评估,结合多种生物信息学分析探讨肿瘤免疫微环境调控,并使用临床标本验证蛋白表达。结果显示,RAD51在胶质瘤和泛癌中显著高表达,与肿瘤干性升高和不良预后相关;其高表达与高龄、较高WHO分级、IDH野生型和1p/19q非共缺失相关。RAD51诊断效能优异(AUC=0.960),为独立不良预后因素,验证的列线图可实现准确的风险预测。机制上,高RAD51与免疫抑制微环境相关,并与Th2细胞和巨噬细胞浸润增加相关;鉴定出19个核心RAD51相关免疫基因,均与不良预后相关。临床检测证实高级别胶质瘤中RAD51蛋白上调。研究表明,RAD51是胶质瘤稳健的诊断生物标志物和独立预后危险因素,与胶质瘤恶性特征相关,并显示与免疫基因表达改变和免疫抑制微环境的潜在联系,其列线图支持临床风险分层。

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Liubing Hou、Yu Wang、Xiang Zhan、Jiayuan Li、Zizhou Zhang、Weijing Cai、Linlin Su、Wei Han、Xuetao Han、Yue Han、Xiaolan Lv、Xiaoying Xue、Huandi Zhou

作者机构

  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China; Department of Central Laboratory, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: houliubing2022@163.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: wy51509297@163.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: zhanxiangfriend@163.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: ljyuan19950212@163.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: zhang000428202202@163.com.
  • Emergency Department, The Second Hospital of Bazhou City, Langfang, Hebei 065701, PR China. Electronic address: caidaifu@qq.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: sulinlin0405@163.com.
  • Department of Oncology, Hebei General Hospital, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: hanjue2542@sina.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: hxt9088@hebmu.edu.cn.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: 2241394256@qq.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: 1425744279@qq.com.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China; Hebei Key Laboratory of Etiology Tracing and Individualized Diagnosis and Treatment for Digestive System Carcinoma, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: xxy0636@hebmu.edu.cn.
  • Department of Radiotherapy, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China; Hebei Key Laboratory of Etiology Tracing and Individualized Diagnosis and Treatment for Digestive System Carcinoma, The Second Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei 050000, PR China. Electronic address: huandizhou@hebmu.edu.cn.

技术路线

公共队列数据(TCGA、CGGA325、CGGA693)→RAD51表达与临床病理/预后关联分析(ROC、生存分析、Cox回归、列线图)及多组学生物信息学免疫微环境分析→临床标本蛋白表达验证

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公共数据库综述The American journal of surgical pathology

Endometrioid Carcinoma With Malignant Squamous Differentiation: Clinicopathologic, Immunohistochemical, and Molecular Analysis.

0 次引用趋势数据不足

回顾分析了2020年1月至2025年3月诊断的3696例子宫内膜子宫内膜样癌,依据预设组织学标准识别出9例伴恶性鳞状分化的肿瘤,全部病例均接受集中切片复核、免疫组化 panel 及靶向下一代测序,并按FIGO 2023分期及TCGA/ProMisE分子分型分类。结果显示,恶性鳞状分化罕见,但与不良病理特征(深肌层浸润、广泛淋巴血管间隙浸润及频繁淋巴结转移)密切相关;术前活检和刮宫常低估或误判该成分。恶性鳞状成分主要占据浸润前沿和转移灶,并一致表现为激素受体表达缺失。分子分析显示4种分子亚型均存在异质性,PI3K/AKT通路反复出现改变。结论认为,该侵袭性表型跨越不同分子亚型,传统形态学评估仍不可或缺。

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不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 02:24
公共数据库基础研究Scientifica

Metformin Attenuates Glucose-Driven Hepatocellular Carcinoma Progression by Targeting GPD2-Mediated Metabolic Plasticity.

暂无引用数据

高糖促进肝癌HepG2和Huh7细胞增殖与迁移,且不同于A549细胞,肝癌细胞在葡萄糖缺乏下仍维持生长,提示其代谢可塑性。GPD2在肝癌组织中显著上调并与不良生存相关。二甲双胍呈剂量依赖性抑制细胞增殖和迁移,低糖条件下作用更强;机制上下调Cyclin D1和XIAP、诱导Caspase-3剪切、降低EMT标志物Slug。GPD2与CCND1、SNAI2呈正相关,提示其与细胞周期及EMT信号相关。结论:肝癌细胞借助GPD2介导的代谢适应在限糖条件下维持生长,GPD2可作为预后生物标志物和治疗靶点;二甲双胍通过干扰GPD2相关促生存及EMT通路抑制肝癌进展。

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公共数据库基础研究Immunotherapy

The potential of PDHA1 as a cuproptosis-related prognostic and immune biomarker in lung squamous cell carcinoma.

0 次引用趋势数据不足

肺鳞状细胞癌(LUSC)中铜死亡相关基因研究尚不充分。本研究基于TCGA和GEO转录组及临床数据分析铜死亡相关基因,并评估丙酮酸脱氢酶E1亚基α1(PDHA1)的预后及生物学作用。结果显示,PDHA1在非小细胞肺癌中差异表达,LUSC中PDHA1高表达与较差总生存相关(HR=1.40),GEO数据趋势一致;PDHA1与致癌/免疫通路、免疫浸润、免疫治疗反应、RNA甲基化调节因子、干性、基因组改变及预测药物敏感性相关。在HCC95肺腺癌细胞中过表达PDHA1可增加集落形成、伤口闭合、改变细胞周期分布并增加异种移植瘤负荷。结论认为,LUSC中PDHA1高表达与不良预后及肿瘤相关分子/免疫特征相关,HCC95模型实验支持其初步促瘤关联,但将其作为治疗或免疫治疗反应生物标志物仍需免疫健全模型及前瞻性临床验证。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 02:24
公共数据库临床研究Frontiers in genetics

The immunogenicity control axis: a multi-omics framework for integrating epigenetic, DNA damage response, and immune states in cancer.

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免疫治疗已改变癌症治疗格局,但治疗反应仍存在异质性,仅凭免疫相关生物标志物难以完全解释。为此,研究提出“免疫原性控制轴”(ICA)这一可检验的多组学框架,整合表观遗传调控、DNA损伤应答(DDR)与免疫活性三个互补维度。其核心假设是:表观遗传许可性影响免疫相关转录与抗原呈递,DDR相关基因组过程促进抗原变异,这些肿瘤内在特征与免疫状态相互作用,共同塑造肿瘤免疫可见性。为便于定量检验,ICA通过独立构建的表观遗传、DDR和免疫评分标准化后整合为复合ICA评分。以宫颈癌为初步疾病背景,基于TCGA-CESC数据的分析对ICA相关分子状态及预后关系进行了探索性评估,并以模拟分析说明特定分析流程。该框架进一步扩展至扰动分析,利用CMap/LINCS转录特征和网络信息优先筛选可能逆转ICA相关分子状态的候选天然化合物。上述计算分析旨在生成假设,而非生物学或临床验证。ICA提供了一个可证伪框架,用于检验表观遗传、DDR与免疫信息的协同能否捕捉超出单一分子维度的肿瘤免疫原性变异,并为后续实验验证的扰动假设提供优先级。

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公共数据库临床研究Frontiers in genetics

Donor-aware multi-cohort single-cell analysis identifies an LXR-linked tubular cholesterol-handling state in membranous nephropathy with a coordinated five-gene lipid-remodeling signature across renal tumors.

暂无引用数据

膜性肾病(MN)是免疫介导的肾小球疾病,持续蛋白尿使肾小管上皮细胞暴露于异常滤过蛋白负荷,其小管代谢反应尚不清楚。研究分析3个肾脏单细胞RNA测序数据集及1个肾小球 bulk 转录组队列,以供体为生物学重复,评估冻结的47基因LXR相关胆固醇处理程序及37基因胆固醇转运/外排组分,并在HK-2细胞蛋白过载后行qRT-PCR验证代表基因。结果:GSE241302中全部3例MN供体程序评分在近端小管(PT)和髓袢/厚升支高于内部参照;OEP004186中PT效应+0.480(FDR 0.0128)、PT-VCAM1 +0.348(FDR 0.0165)、髓袢/远端上皮+0.310(FDR 0.0242),逐一剔除MN供体分析均为正效应;GSE171458呈一致方向支持。PT-VCAM1比例未增加,但程序在PT及PT-VCAM1内均升高,支持状态内转录改变。16个程序基因在3个单细胞资源中平均效应为正。GSE200828中MN总体程序高于活体供肾(+0.226,FDR 0.0349),但不高于其他肾小球疾病。蛋白过载使HK-2细胞ABCA1、ABCG1、SREBF1、FASN、SCD表达升高。同一五基因面板在3种肾癌组织学中呈一致配对升高(REML合并效应+0.967,95%CI 0.843-1.092),85.3%患者胆固醇外排与脂质合成/重塑两臂同时升高。结论:MN与供体支持的LXR相关胆固醇处理转录状态相关,集中于PT及髓袢/TAL相关上皮区室,该状态对HK-2细胞蛋白过载有反应,可能反映蛋白尿性肾损伤的更广泛小管脂质稳态反应;数据未确立直接LXR激活、胆固醇外排通量增加或MN特异性。配对肾癌分析进一步识别出KIRC、KIRP、KICH中协调的肿瘤相关五基因脂质重塑特征,但未确立肿瘤细胞内在LXR激活、免疫效应或因果肿瘤机制。

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公共数据库基础研究Frontiers in oncology

Integrated transcriptomic and single-cell analyses define neuronal heterogeneity and PDIA4-associated malignancy in glioblastoma.

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胶质母细胞瘤(GBM)具有显著的细胞异质性及恶性细胞与微环境的复杂互作,但神经元群体对GBM进展和预后的贡献尚不明确。研究整合TCGA-GBM与GTEx的批量转录组数据及两个单细胞RNA测序数据集,采用差异表达分析、WGCNA、机器学习生存建模、CIBERSORT、GSEA、CopyKAT、MiloR、拟时序分析、GSVA、CellChat和pySCENIC等方法刻画预后基因及其细胞背景,并在U251和U87细胞中通过siRNA敲低PDIA4后行Western blotting、qPCR、Transwell侵袭、划痕愈合、集落形成和CCK-8实验。最终预后模型保留PDIA4、CAMK2N1、RPH3A、RAB11FIP4、DMTN、EPHB6、SLC47A2、ESM1和EMILIN2九个预后基因。单细胞分析显示这些基因具有不同的细胞分布,并鉴定出GBM中富集的肿瘤相关神经元群体;拟时序分析揭示正常与肿瘤相关神经元状态间的转录差异,CellChat预测神经元群体与GBM细胞间NRXN-NLGN通讯发生改变。免疫解卷积显示多个预后基因与免疫细胞组成相关,其中PDIA4与活化NK细胞呈负相关。实验中PDIA4在U251和U87细胞中的表达高于SVG p12细胞,敲低PDIA4可降低两株GBM细胞的克隆生长、侵袭、划痕愈合及CCK-8代谢活性读数。研究将GBM预后与肿瘤微环境中独特的神经元和免疫特征相联系,将九基因预后特征置于GBM细胞结构中,并提示肿瘤相关神经元状态可能是预后肿瘤生态系统的组成部分;PDIA4敲低为该特征某一组分提供了功能支持,预测的NRXN-NLGN网络则为神经元-GBM通讯提供了待研究途径。

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