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临床队列综述Briefings in bioinformatics

Advances in computational biology approaches for digital modeling of tumor microenvironment.

暂无引用数据

肿瘤微环境(TME)是异质性多尺度系统,仅靠实验难以完整刻画。计算建模可整合细胞、血管、代谢、免疫与力学机制,但方法多样,给模型选择、参数化、验证和临床转化带来困难。本文以问题为导向综述TME建模的计算方法,比较连续、离散及离散-连续混合范式在生物学分辨率、数据需求、可解释性和计算成本上的差异,并将其关联至肿瘤细胞动力学、血管运输、细胞外基质与力学、代谢与缺氧、免疫互作五个机制领域;从参数可识别性、不确定性量化、数值有效性、生物学保真度和临床相关性考察模型可信度,强调按预期用途和验证情境解读性能。文章还分析机器学习在机制-ML整合中的功能,包括代理模型加速前向模拟、反演方法估计潜参数与状态、患者特异性工作流整合多模态临床数据与机制模型,以及物理信息神经网络嵌入控制方程;并讨论纵向个性化、物理感知多尺度整合、临床可部署数字孪生、外部泛化和合成数据到临床迁移,提出从机制假设生成到自适应数字孪生决策支持的转化就绪路径。可信的TME建模应优先采用最小充分模型,明确预期用途,透明呈现不确定性,并使证据与生物学或临床问题相匹配。

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最近 5 个完整年度引用趋势

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合成生物学基础研究Nature genetics

Predictive design of tissue-specific mammalian enhancers that function in the mouse embryo.

1 次引用趋势数据不足

研究以小鼠胚胎为对象,旨在设计组织特异性哺乳动物增强子。方法上,利用精选染色质可及性数据训练紧凑卷积神经网络,并通过迁移学习在已验证的人和小鼠增强子上微调模型。据此设计心脏、肢体和中枢神经系统15个合成增强子,均能在预期靶组织中发挥作用。结果表明,哺乳动物增强子功能可仅由DNA序列可靠推断,借助适度训练集即可预测性从头设计组织特异性合成增强子,为体内哺乳动物基因表达的可编程控制提供通用框架。

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Shenzhi Chen、Vincent Loubiere、Ethan W Hollingsworth、Ken Murakami、Nikolaus Mandlburger、Sandra H Jacinto、Atrin Dizehchi、Jacob Schreiber、Evgeny Z Kvon、Alexander Stark

作者机构

  • Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna BioCenter (VBC), Vienna, Austria.
  • Vienna BioCenter PhD Program, Doctoral School of the University of Vienna and Medical University of Vienna, Vienna, Austria.
  • Department of Developmental and Cell Biology, University of California Irvine, Irvine, CA, USA.
  • Medical Scientist Training Program, University of California Irvine, Irvine, CA, USA.
  • Department of Genomics and Computational Biology, UMass Chan Medical School, Worcester, MA, USA.
  • Department of Systems Biology, University of California Irvine, Irvine, CA, USA.
  • Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna BioCenter (VBC), Vienna, Austria. stark@starklab.org.
  • Medical University of Vienna, Vienna BioCenter (VBC), Vienna, Austria. stark@starklab.org.

技术路线

数据/样本:整理染色质可及性数据及已验证的人和小鼠增强子;分析:训练紧凑卷积神经网络,并通过迁移学习微调;设计15个针对小鼠胚胎心脏、肢体和中枢神经系统的合成增强子;验证:在目标组织中检测到所有设计增强子均具有活性。

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/10/29 12:31
合成生物学基础研究Nature biotechnology

High-throughput synthesis of DNA fragments by molecular self-assembly of overlapping oligonucleotides.

2 次引用趋势数据不足

DNA合成技术的局限是合成生物学的基本瓶颈。本研究提出一种由杂交驱动的高通量基因合成方法,称为分子自组装诱导克隆。该方法通过将体外重叠DNA片段的正交自组装与体内宿主细胞的DNA修复机制相结合,克服了基因间的分子交叉干扰和寡核苷酸错配。组装后的目标片段被细胞摄取后作为模板用于回收和克隆。研究采用基于微芯片的寡核苷酸合成,在简单的一锅反应中可生产超过1000个不同的基因片段。近零错配是并行合成的不可或缺特征,寡核苷酸合成错误保持在恒定但可控的水平。研究还构建了工业酶PETase的大规模变体文库,并发现了比金标准酶效力更高的变体。

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Zhiguang Wu、Zhengyang Sun、Shuangying Jiang、Yaqi Wang、Tanxi Bai、Cheng Zeng、Zelin Cai、Chenghao Su、Xiandi Zhang、Yunan Chen、Yue Shen、Chenyou Zhu、Ye Xiang、Fang Fang、Ninuo Xia、Dongsheng Liu、Junbiao Dai、Bryan Wei

作者机构

  • School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing, China.
  • Center for Synthetic and Systems Biology, Tsinghua University, Beijing, China.
  • Shenzhen Key Laboratory of Synthetic Genomics, Guangdong Provincial Key Laboratory of Synthetic Genomics, State Key Laboratory of Quantitative Synthetic Biology, Shenzhen Institute of Synthetic Biology, Shenzhen Institutes of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China.
  • Laboratory of Genome and Multi-omics Technologies, BGI Research, Shenzhen, China.
  • BGI Research, Changzhou, China.
  • Engineering Research Center of Advanced Rare Earth Materials (Ministry of Education), Department of Chemistry, Tsinghua University, Beijing, China.
  • Beijing Advanced Innovation Center for Structural Biology, Beijing Frontier Research Center for Biological Structure, Center for Infectious Disease Research, Department of Basic Medical Sciences, School of Medicine, Tsinghua University, Beijing, China.
  • Reproductive and Genetic Center, The First Affiliated Hospital of USTC, Center for Advanced Interdisciplinary Science and Biomedicine of IHM, Division of Life Sciences and Medicine, University of Science and Technology of China, Hefei, China.
  • CodeR Therapeutics, Ltd, Hefei, China. nxia007@gmail.com.
  • Engineering Research Center of Advanced Rare Earth Materials (Ministry of Education), Department of Chemistry, Tsinghua University, Beijing, China. dongsheng.liu@polyu.edu.hk.
  • Department of Chemistry, The Hong Kong Polytechnic University, Hong Kong, China. dongsheng.liu@polyu.edu.hk.
  • Research Institute for Future Food, The Hong Kong Polytechnic University, Hong Kong, China. dongsheng.liu@polyu.edu.hk.
  • PolyU Shenzhen Research Institute, The Hong Kong Polytechnic University, Shenzhen, China. dongsheng.liu@polyu.edu.hk.
  • Shenzhen Key Laboratory of Synthetic Genomics, Guangdong Provincial Key Laboratory of Synthetic Genomics, State Key Laboratory of Quantitative Synthetic Biology, Shenzhen Institute of Synthetic Biology, Shenzhen Institutes of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China. daijunbiao@caas.cn.
  • Shenzhen Branch, Guangdong Laboratory for Lingnan Modern Agriculture, Key Laboratory of Synthetic Biology, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Agricultural Genomics Institute at Shenzhen, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shenzhen, China. daijunbiao@caas.cn.
  • School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing, China. bw@tsinghua.edu.cn.
  • Center for Synthetic and Systems Biology, Tsinghua University, Beijing, China. bw@tsinghua.edu.cn.
  • Center for Life Sciences and Artificial Intelligence, School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing, China. bw@tsinghua.edu.cn.

技术路线

微芯片寡核苷酸合成 → 重叠DNA片段体外正交自组装

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/10/30 05:59
公共数据库临床研究World journal of surgical oncology

Association of different adiposity indices with breast cancer incidence and all-cause mortality: a nationwide cohort study.

暂无引用数据

美国一项基于国家健康与营养调查(NHANES)2005—2016年周期数据的全国性队列研究,纳入12,829名20~85岁女性,评估相对脂肪量(RFM)、腰高比(WHtR)、体型指数(ABSI)、倒数体重指数(RPI)和锥度指数(CI)5项肥胖指标与乳腺癌发病及全因死亡的关系。中位随访101.4个月,期间发生367例乳腺癌、1,132例死亡。多因素校正后,ABSI与乳腺癌发病(OR=1.21,95%CI:1.02~1.44)及全因死亡(HR=1.22,95%CI:1.12~1.34)均呈显著正相关,在≥50岁女性中关联更强;CI亦与死亡正相关(HR=1.12);RFM、WHtR和RPI在≥50岁亚组中与乳腺癌呈负相关。ABSI对乳腺癌预测的AUC最高(0.606),剂量反应关系最一致。结论认为,5项肥胖指标中ABSI与乳腺癌发病和全因死亡的关联最强且最一致,在各年龄组中预测价值稳定,未来仍需更大规模前瞻性队列研究进一步探讨。

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最近 5 个完整年度引用趋势

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公共数据库基础研究Journal of translational medicine

Novel androgen receptor N-terminal mutation drives gastric cancer metastasis via YWHAZ-mediated FAK pathway activation.

暂无引用数据

研究对象为胃癌及AR N端A32C(p.Y11S)突变。研究分析TCGA数据库33种肿瘤并在65例胃癌中验证,采用增殖、凋亡、迁移实验及转录组分析、免疫共沉淀、FAE226药物抑制和肝转移模型研究机制。结果显示,与野生型AR相比,A32C突变显著增强增殖、抗凋亡能力及G1/S期转换;Y11S位点替换增强AR与YWHAZ结合,形成细胞质支架,自发激活FAK-PXN轴及下游PI3K-AKT/ERK通路;敲低YWHAZ或抑制FAK可逆转恶性表型。体内实验中,MT-AR细胞肝脏定植能力高于野生型细胞,转移灶中FAK活性持续较高。结论认为,AR A32C突变是此前未被识别的致癌驱动因素,通过YWHAZ介导的配体非依赖性FAK激活机制促进胃癌转移,拓展了AR突变生物学研究范围,并提示基于AR突变状态的FAK抑制剂可作为AR突变胃癌的精准治疗。

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最近 5 个完整年度引用趋势

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公共数据库基础研究Journal of translational medicine

Chromogranin B promotes EMT-associated stem-like properties and chemoresistance in HNSCC.

暂无引用数据

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中,上皮-间质转化(EMT)相关干性与治疗耐药是推动疾病进展的重要因素,但其上游调控因子尚不明确。研究整合TCGA-HNSC、GEO及单细胞RNA测序数据,结合EMT评分、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析和Cox回归,评估嗜铬粒蛋白B(CHGB)的表达、预后价值及其与EMT的关联,并通过功能获得/缺失、异种移植、肿瘤球形成、顺铂敏感性及挽救实验探究其生物学功能与机制。结果显示,CHGB在HNSCC组织中显著上调并与总生存期不良相关,其表达与EMT相关转录程序密切相关。敲低CHGB可抑制增殖、迁移、细胞周期进展、原代及继代肿瘤球形成、体外顺铂耐药和体内肿瘤生长,过表达则呈相反效应。机制上,CHGB通过PI3K/AKT信号维持ZEB1表达,促进EMT相关干性和化疗耐药;恢复ZEB1可部分挽救CHGB敲低所致的自我更新能力受损和顺铂敏感性增强,而沉默ZEB1可减弱CHGB驱动的恶性表型。单细胞转录组分析进一步证实CHGB富集于恶性细胞,并与EMT和干性程序正相关。结论认为,CHGB通过PI3K/AKT/ZEB1轴调控EMT相关干性和化疗耐药,是HNSCC潜在的预后生物标志物和治疗靶点。

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合成生物学综述Molecular cancer

Trace elements and tumors: homeostatic networks, molecular mechanisms and new horizons for precision intervention.

0 次引用趋势数据不足

痕量元素铁、铜、锌、硒、锰是生命必需物质,作为酶辅因子、结构组分和信号分子参与能量代谢、氧化还原平衡及基因组稳定性调控,其生理功能呈剂量-效应双相性,稳态失衡既可维护健康也可促进恶性转化。本综述系统阐述上述五种核心痕量元素在生理条件下的完整生命周期及其功能互联,并阐释肿瘤细胞通过元素成瘾机制劫持该调控网络。文章详述铁依赖性铁死亡与铜依赖性铜死亡的新兴作用,以及痕量元素对凋亡和自噬的情境依赖性调控,揭示肿瘤特异性代谢脆弱性。在肿瘤免疫微环境中,锌和硒通常支持抗肿瘤免疫,铁和铜失调驱动免疫抑制极化,锰则为具免疫治疗潜力的cGAS-STING激动剂。在血管生成与转移方面,铜和铁在细胞外基质重塑、上皮-间质转化及血管生成信号中发挥核心作用。临床证据表明,全身及局部元素失衡可作为多种癌症的风险生物标志物。治疗策略包括传统营养与药理干预、基于元素代谢的放化疗及免疫治疗协同增敏,以及元素响应纳米平台和合成生物学工程免疫细胞等交叉工程方法。多数治疗证据来自临床前模型,需严谨基础研究支撑临床转化。

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AI 辅助短评,基于标题和摘要整理

本文系统梳理铁、铜、锌、硒、锰的稳态网络与肿瘤代谢劫持机制,涵盖铁死亡、铜死亡及免疫微环境调控,并整合元素失衡作为风险标志物的临床证据。治疗策略分类清晰,但作者明确多数证据源于临床前模型,转化前需严谨基础研究。综述框架具系统生物学视角,知识缺口梳理有助于假设驱动探索,适合作为该领域参考。

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Shengxin Zhang、Keqin Tan、Qin Zhang、Yuzhe Zhao、Ziyang Cheng、Xinggang Yang、Jingsi Dong、Jiaming Liu、Xuelei Ma

作者机构

  • Department of Biotherapy, Cancer Center and State Key Laboratory of Biotherapy, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China.
  • Department of Postgraduate Students, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China.
  • West China Hospital of Stomatology, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China.
  • Department of Hematology, Children's Hospital of Soochow University, Suzhou, Jiangsu, China.
  • Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Institute of Respiratory Health, Frontiers Science Center for Disease-Related Molecular Network, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, China.
  • Lung Cancer Center/Lung Cancer Institute, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China. dongjingsi@wchscu.edu.cn.
  • Department of Thoracic Surgery, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China. dongjingsi@wchscu.edu.cn.
  • Department of Urology, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, China. JM3099@163.com.
  • Department of Biotherapy, Cancer Center and State Key Laboratory of Biotherapy, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan, China. maxuelei0726@wchscu.cn.

技术路线

文献综述:整合基础与临床数据 → 归纳五种微量元素(铁、铜、锌、硒、锰)的稳态网络、分子机制及肿瘤特异性代谢脆弱性

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/10/29 03:49
公共数据库临床研究Human genomics

Dietary-fibre intake, genetic factors, and the risk of nonalcoholic fatty liver disease: a prospective study in the UK Biobank.

暂无引用数据

英国生物银行前瞻性研究纳入424008名基线无肝病参与者,采用经验证的食物频率问卷评估膳食纤维摄入,以肝脏脂肪含量遗传风险评分评价遗传风险,用Cox比例风险模型分析。平均随访12.1年发生4662例非酒精性脂肪性肝病。膳食纤维摄入最高五分位者风险低于最低五分位(HR 0.70,95%CI 0.61~0.80,趋势P<0.001),面包和谷物来源纤维关联较强。高遗传风险者发病风险升高(HR 1.82,95%CI 1.65~2.01),但各遗传风险组中较高纤维摄入均与较低风险相关;高遗传风险合并低纤维摄入者发病风险最高(HR 2.85,95%CI 2.20~3.70)。结论认为,较高膳食纤维摄入与非酒精性脂肪性肝病风险降低相关,该关联见于所有遗传风险组。

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公共数据库临床研究Biology of sport

Associations of exercise snacks with sarcopenia and all-cause mortality: A national cohort study.

暂无引用数据

本研究基于2011—2014年美国国家健康与营养调查(NHANES)数据,纳入2969名参与者,探讨“运动零食”(即日常累积的短时中高强度身体活动)与肌少症及全因死亡率的关联。研究采用MIMS-ES(运动零食期间日均MIMS单位)和Time-ES(每日运动零食总分钟数)两个指标进行量化,运用调查加权回归模型、限制性立方样条分析及生存分析。结果显示,在完全校正模型中,MIMS-ES每增加1单位、Time-ES每增加1分钟,肌少症发生风险分别降低8%和9%;较高运动零食水平与更强握力相关。限制性立方样条分析呈L形关联,MIMS-ES约2050单位/日、Time-ES约80分钟/日后关联趋于平缓。在肌少症患者中,较高运动零食水平与较低全因死亡风险相关(MIMS-ES:HR=0.83,95%CI:0.74~0.91;Time-ES:HR=0.80,95%CI:0.71~0.91)。亚组及敏感性分析结果基本一致。研究表明,较高运动零食水平与较好的肌肉健康及生存结局相关,仍需进一步前瞻性和干预性研究加以明确。

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合成生物学基础研究Nucleic acids research

Multi-level precise regulation of gene transcription in the yeast Saccharomyces cerevisiae based on light-sensitive CRISPR/Cas systems.

0 次引用趋势数据不足

基于CRISPR的基因转录调控是构建酿酒酵母合成基因电路的重要工具,但现有策略多局限于单一调控层面,灵敏度有待提高。本研究将翻译水平和翻译后水平的基因调控方法与光遗传学控制模式相结合,实现对dCas9蛋白的高灵敏多层级精准调控,从而灵活调节靶基因转录水平。利用该策略调控荧光蛋白转录水平,mCherry荧光强度较无调控时最高提升2.58倍。该基于CRISPR的多层级光遗传学系统有助于理解基因调控网络,并为合成生物学设计稳健的基因电路提供支持。

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Yaokun Liang、Xianghui Qi、Song Gao、Yunjiao Wang、Guoshi Kan、Leonid N Valentovich、Jingjing Guo、Yingfeng An

作者机构

  • College of Biosciences and Biotechnology, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110866, Liaoning, China.
  • Shenyang Key Laboratory of Microbial Resource Mining and Molecular Breeding, Liaoning 110000, Shenyang, China.
  • School of Life Sciences, Guangzhou University, Guangzhou, Guangdong 510006, China.
  • Institute of Microbiology, National Academy of Sciences of Belarus, Minsk 220000, Belarus.
  • Engineering Research Centre of Applied Technology on Machine Translation and Artificial Intelligence, Macao Polytechnic University, Macau 999078, China.

技术路线

以荧光蛋白为报告基因→基于光敏CRISPR/dCas9系统,整合翻译与翻译后水平的调控模式,对dCas9蛋白实施多层级精准调控,分析目标基因转录水平变化(mCherry荧光强度较无调控提升最高2.58倍)

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/10/30 06:00
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