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合成生物学基础研究Advances in biochemical engineering/biotechnology

Molecular Biology and Synthetic Biology-Guided Development of Recognition and Reporting Elements of Biosensor.

Yu Luo、Chenfei Meng、Lu Wang 等DOI: 10.1007/10_2026_370
0 次引用趋势数据不足

微生物细胞生物传感器可检测细胞内外物质浓度波动及外部环境变化，并产生可测量的信号输出，具有成本低、操作简单、特异性高的特点。合成生物学的快速发展显著推动了微生物细胞生物传感器的开发与实际应用。本文综述了微生物细胞生物传感器的组成与工作原理，并介绍了近年来利用分子生物学和合成生物学技术改造生物识别元件和报告元件的多种策略及最新进展，为微生物细胞生物传感器的研发提供了新思路和有价值的参考。

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Yu Luo、Chenfei Meng、Lu Wang、Bo Liang

作者机构

  • Energy-Rich Compounds Production by Photosynthetic Carbon Fixation Research Center, Shandong Key Lab of Applied Mycology, College of Life Sciences, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China.
  • Energy-Rich Compounds Production by Photosynthetic Carbon Fixation Research Center, Shandong Key Lab of Applied Mycology, College of Life Sciences, Qingdao Agricultural University, Qingdao, China. liangbo@qau.edu.cn.

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/10/31 07:00
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公共数据库基础研究Nucleic acids research

VarNexus: an integrative database for interpreting disease-associated regulatory variants through multimodal predictions and functional evidence.

Lihai Gong、Cheng Tan、Jinhui Zhang 等DOI: 10.1093/nar/gkag1056
UK Biobank单细胞多组学方法学
0 次引用趋势数据不足

VarNexus是一个整合数据库，旨在连接疾病相关变异与预测性、群体性及实验性证据，以辅助非编码风险变异的功能解读。该资源收录了来自UK Biobank和FinnGen的1891种疾病相关表型的230404个精细定位候选变异，整合了AlphaGenome对11种调控输出类型的预计算预测，以及批量与单细胞xQTL、MPRA测量和GWAS-eQTL共定位结果。数据库支持按变异、表型和基因进行交叉检索，并提供按需AlphaGenome预测、多组学基因组浏览器可视化和调控网络探索功能。通过结合基于序列的预测与群体及实验证据，VarNexus为优先筛选获得多层证据支持的候选调控机制提供了框架。

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Lihai Gong、Cheng Tan、Jinhui Zhang、Rigan Shu、Shutong Guo、Tingting Xiao、Jialin Shi、Jing Wang、Ting Ni、Ruofan Ding

作者机构

  • Institutes of Biomedical Sciences, Inner Mongolia University, Hohhot 010070, China.
  • College of Informatics, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China.
  • State Key Laboratory of Genetic Engineering, National Clinical Research Center for Aging and Medicine, Huashan Hospital, Collaborative Innovation Center of Genetics and Development, Human Phenome Institute, Shanghai Engineering Research Center of Industrial Microorganisms, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200438, China.

技术路线

数据/样本：UK Biobank与FinnGen的1891个疾病相关表型中230,404个精细定位候选变异，整合预计算AlphaGenome 11类调控输出、bulk与单细胞xQTL、MPRA测量及GWAS-eQTL共定位结果 → 分析：按变异、表型、基因交叉检索，按需AlphaGenome预测、多组学基因组浏览器可视化及调控网络探索

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0110202102022020230202402025

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数据来源：openalex更新时间：2026/10/29 12:35
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公共数据库基础研究Scientifica

Metformin Attenuates Glucose-Driven Hepatocellular Carcinoma Progression by Targeting GPD2-Mediated Metabolic Plasticity.

作者信息暂未整理DOI: 10.1155/sci5/9372425
TCGA肿瘤与癌症
暂无引用数据

高糖促进肝癌HepG2和Huh7细胞增殖与迁移，且不同于A549细胞，肝癌细胞在葡萄糖缺乏下仍维持生长，提示其代谢可塑性。GPD2在肝癌组织中显著上调并与不良生存相关。二甲双胍呈剂量依赖性抑制细胞增殖和迁移，低糖条件下作用更强；机制上下调Cyclin D1和XIAP、诱导Caspase-3剪切、降低EMT标志物Slug。GPD2与CCND1、SNAI2呈正相关，提示其与细胞周期及EMT信号相关。结论：肝癌细胞借助GPD2介导的代谢适应在限糖条件下维持生长，GPD2可作为预后生物标志物和治疗靶点；二甲双胍通过干扰GPD2相关促生存及EMT通路抑制肝癌进展。

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公共数据库临床研究Journal of visualized experiments : JoVE

Associations of International Normalized Ratio and Hematocrit With Stroke Status and Machine Learning Mortality Prediction in Critical Care Databases.

Juan Han、Linming Zhang、Chunyan LeiDOI: 10.3791/73411
MIMICeICU机器学习成人队列研究
暂无引用数据

卒中可致死亡和长期残疾。该回顾性队列研究基于MIMIC-IV和eICU-CRD数据库，纳入29 831例成人ICU患者，依据ICD-9/10编码判定卒中状态，采用入ICU后24 h内首次INR和Hct检测值，通过多因素logistic回归、四分位分析、限制性立方样条、亚组及敏感性分析评估二者与卒中的关联。结果显示，随INR四分位升高卒中比例下降，随Hct四分位升高卒中比例上升；充分校正后，INR每增加1单位卒中风险降低（OR 0.105~0.395），Hct每增加1个百分点卒中风险升高（OR 1.076~1.103）；多重插补结果方向一致。卒中患者的事后探索性分析采用Cox回归筛选6个预后变量构建机器学习模型，梯度提升机模型在训练集、内部验证集和外部验证集的AUC分别为0.717、0.670和0.630。结论提示INR与卒中呈负相关、Hct与卒中呈正相关，上述观察性关联需谨慎解读，死亡预测分析为卒中患者提供了补充性预后视角。

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Juan Han、Linming Zhang、Chunyan Lei

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  • Department of Neurology, Hospital of Kunming Medical University; hanjuan@ydyy.cn.
  • Department of Neurology, Hospital of Kunming Medical University.

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公共数据库基础研究The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society

Laminophatic Mutations Affect SUN-1 Dynamics and Chromosome Pairing During C. elegans Meiosis.

作者信息暂未整理DOI: 10.1369/00221554261488896
MIMIC
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在减数分裂过程中，同源染色体通过动态运动确保正确配对，该过程依赖LINC复合体经内核膜SUN蛋白跨核膜传递细胞骨架力。研究以秀丽隐杆线虫为模型，在核纤层蛋白基因（CeLMN）Ig结构域引入模拟人类核纤层蛋白病的突变。结果显示，该突变损害核膜处SUN-1动态，导致同源染色体配对和联会复合体组装缺陷；突变株表现为SUN-1迁移异常、中央元件蛋白SYP-1加载不完全及轴向元件蛋白HTP-3定位改变，减数分裂核常出现额外DAPI染色小体，并在终变期显示染色体畸变。结论表明，核纤层蛋白Ig结构域在协调核力学与LINC复合体功能中起关键作用，从而保障配子发生中的染色体动态和基因组稳定性。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/11/01 02:32
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公共数据库基础研究Immunotherapy

The potential of PDHA1 as a cuproptosis-related prognostic and immune biomarker in lung squamous cell carcinoma.

作者信息暂未整理DOI: 10.1080/1750743x.2026.2751904
TCGAGEO肿瘤与癌症
0 次引用趋势数据不足

肺鳞状细胞癌（LUSC）中铜死亡相关基因研究尚不充分。本研究基于TCGA和GEO转录组及临床数据分析铜死亡相关基因，并评估丙酮酸脱氢酶E1亚基α1（PDHA1）的预后及生物学作用。结果显示，PDHA1在非小细胞肺癌中差异表达，LUSC中PDHA1高表达与较差总生存相关（HR=1.40），GEO数据趋势一致；PDHA1与致癌/免疫通路、免疫浸润、免疫治疗反应、RNA甲基化调节因子、干性、基因组改变及预测药物敏感性相关。在HCC95肺腺癌细胞中过表达PDHA1可增加集落形成、伤口闭合、改变细胞周期分布并增加异种移植瘤负荷。结论认为，LUSC中PDHA1高表达与不良预后及肿瘤相关分子/免疫特征相关，HCC95模型实验支持其初步促瘤关联，但将其作为治疗或免疫治疗反应生物标志物仍需免疫健全模型及前瞻性临床验证。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/11/01 02:24
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临床队列临床研究Journal of diabetes and metabolic disorders

Association of conventional and non-conventional lipid profile with cognitive impairment among type 2 diabetic patients.

作者信息暂未整理DOI: 10.1007/s40200-026-02116-x
糖尿病老年横断面研究
0 次引用趋势数据不足

目的：探讨血浆致动脉粥样硬化指数、非高密度脂蛋白胆固醇及常规血脂谱与60岁以上2型糖尿病患者认知功能障碍的关联。方法：横断面研究数据来自布什尔老年健康项目（第二阶段），纳入60岁及以上参与者，采用功能评估分期工具和类别流畅性测验评估功能状态，测定血脂参数后以多元logistic回归分析其与认知障碍的关系。结果：共纳入836名参与者，其中339人存在认知功能下降，平均年龄68.6±5.7岁。除HDL-C外，各血脂参数与认知功能障碍均无关联；较高HDL-C水平具有保护作用。年龄较大（OR=1.05，95%CI=1.01-1.08，P=0.002）和受教育程度较高（OR=1.08，95%CI=1.04-1.12，P<0.001）与认知障碍呈正相关，男性与认知障碍风险降低59%相关（OR=0.41，95%CI=0.27-0.62，P<0.001）。结论：在常规血脂谱中，仅HDL-C水平与认知功能障碍相关，认知障碍与非传统血脂指标之间未见关联。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/10/31 11:42
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合成生物学基础研究Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Protein resource allocation across subcellular compartments revealed by large-scale absolute quantitative proteomics in yeast.

Hongzhong Lu、Zhendong Zhang、Siwei He 等DOI: 10.1073/pnas.2621208123
机器学习
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研究构建了迄今规模最大的酵母绝对定量蛋白质组数据集，涵盖两种酵母在多种实验条件下的300个绝对定量蛋白质组，并运用大数据分析、公式拟合和机器学习，在系统层面揭示蛋白质丰度、资源分配与细胞表型之间的定量关联。研究发现，亚细胞资源分布高度不均且与比生长速率协变：高比生长速率下，细胞核等某些区室的蛋白质质量分数持续降低，与核糖体蛋白质资源需求增加同步；营养限制可能通过上调液泡等特定区室蛋白质资源诱导资源循环，以维持应激适应。整合分析表明，少数亚细胞区室（如细胞核和核糖体）的蛋白质质量分数可准确预测酵母生理参数（如比生长速率、摄氧率），有限蛋白质集合（≥23个）可捕捉7个主要亚细胞区室资源分配变化。比较分析显示，亚细胞资源分配受多因素影响，Crabtree阳性与阴性物种对环境扰动的稳健性差异显著。该数据集为理解亚细胞资源分配的一般原则提供基础，并为合成生物学细胞工厂精准工程奠定基础。

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Hongzhong Lu、Zhendong Zhang、Siwei He、Yucan Zhang、Yuguang Wang、Fei Tao、Jens Nielsen

作者机构

  • State Key Laboratory of Microbial Metabolism, School of Life Science and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China.
  • Institute of Natural Sciences, School of Mathematical Sciences, Zhangjiang Institute of Advanced Study, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China.
  • Shanghai AI Laboratory, Shanghai 200232, China.
  • BioInnovation Institute, Ole Måløes Vej, Copenhagen N DK2200, Denmark.
  • Department of Life Sciences, Chalmers University of Technology, Gothenburg SE412 96, Sweden.

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数据来源：openalex更新时间：2026/10/31 07:00
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合成生物学研究类型未标注Nucleic acids research

SynBioFooDB: a comprehensive resource for synthetic biology-driven food biomanufacturing.

Fan Wei、Xiaogui Deng、Haoran Li 等DOI: 10.1093/nar/gkag1073
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SynBioFooDB是一个面向合成生物学驱动的食品生物制造的知识库。该研究整合了74237种食品相关化合物及其标准化化学身份和涵盖食品存在、生物活性、毒性和监管信息的注释，并从5592篇文献中专家整理了1054种化合物的生物制造证据，通过结构化可追溯记录关联微生物宿主、底物、遗传修饰和定量生产指标。数据库还包含971种化合物的2002条文献报道生物合成途径，支持比较替代前体、酶组合和途径架构；对无文献途径的化合物提供计算预测的候选途径。该知识库通过整合化合物层面背景、生物制造证据和生物合成途径信息，支持食品相关化合物微生物生产策略的系统探索、比较和理性设计。

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AI 辅助短评，基于标题和摘要整理

该数据库整合化合物注释、专家整理的生物制造证据与文献通路，并提供计算预测候选通路，形成可追溯的知识框架，有助于跨研究比较与微生物生产策略的理性设计。但需注意：预测通路未经原文实验验证，专家整理证据的覆盖度（1054/74237）有限，数据库价值取决于后续更新与外部验证。

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Fan Wei、Xiaogui Deng、Haoran Li、Ruoyu Wang、Zhitao Mao、Yufeng Mao、Yushuo Liu、Qishun Niu、Yuxin Qin、Jun Du、Xiaoping Liao、Yu Bai、Qianqian Yuan、Hongwu Ma

作者机构

  • Biodesign Center, Key Laboratory of Engineering Biology for Low-carbon Manufacturing, Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, Chinese Academy of Sciences, Tianjin 300308, China.
  • Haihe Laboratory of Synthetic Biology, Tianjin 300308, China.
  • National Technology Innovation Center of Synthetic Biology, Tianjin 300308, China.
  • College of Biotechnology, Tianjin University of Science and Technology, Tianjin 300457, China.

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数据/样本：整合74,237种食品相关化合物（标准化化学身份及食品出现、生物活性、毒性、监管注释），专家审编1,054种化合物的生物制造证据（来自5,592篇文献，关联微生物宿主、底物、遗传修饰及定量生产指标），并收录971种化合物的2,002条文献报道生物合成途径。分析：构建化合物-生物制造证据-生物合成途径的结构化可溯源知识库；对无文献途径的化合物进行计算预测候选途径。验证：原文未报告实验验证。

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0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/10/29 03:49
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临床队列临床研究Nature medicine

Neoadjuvant durvalumab plus chemotherapy in resectable or borderline resectable non-small-cell lung cancer: the phase 2 MDT-BRIDGE trial.

Martin Reck、Ernest Nadal、Carl M Gay 等DOI: 10.1038/s41591-026-04742-7
肿瘤与癌症风险模型成人队列研究
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2期MDT-BRIDGE研究评估围手术期度伐利尤单抗联合新辅助化疗（AEGEAN方案）用于可切除及临界可切除非小细胞肺癌，并对新辅助化免疫治疗后经多学科团队评估转为不可切除者予以放化疗后度伐利尤单抗巩固（PACIFIC方案）。主要终点为总切除率（描述性，未作正式假设检验）；次要终点包括无事件生存期、无进展生存期、可切除队列病理完全缓解率、基线至术前/放化疗前循环肿瘤DNA清除率及安全性。共142例接受新辅助治疗，基线可切除和临界可切除分别占64.8%和35.2%。总切除率（95%CI）为74.6%（66.7‒81.6），手术者R0切除率96.2%（90.6‒99.0）。131例（92.3%）在新辅助治疗后接受手术（106例）或放化疗（25例），117例（82.4%）接受辅助（94例）或巩固（23例）度伐利尤单抗。辅助或巩固度伐利尤单抗期间，手术患者和放化疗患者3/4级不良事件最高发生率分别为7.4%和17.4%，因不良事件停药分别为8.5%和13.0%。该多学科团队指导策略可行，使多数患者接受根治性治疗（手术或放化疗）后予以度伐利尤单抗，并显示初步疗效积极、安全性可控。

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Martin Reck、Ernest Nadal、Carl M Gay、Nicolas Girard、Andrea Riccardo Filippi、Linda W Martin、Cordula Petersen、David A Cairns、Margarita Majem、Andrea Ardizzoni、Rosa Alvarez Alvarez、Andrew Robinson、Benoit Roch、Arnaud Boyer、Ilaria Attili、Maximilian Diehn、David Kurtz、Ugochinyere A Emeribe、Ignacio Diaz Perez、Matteo Giaj Levra、Davina Gale、Zhou Zhu、Nefeli Georgoulia、Jonathan Spicer

作者机构

  • Lung Clinic Großhansdorf, Airway Research Center North, German Center for Lung Research, Großhansdorf, Germany. m.reck@lungenclinic.de.
  • Department of Medical Oncology, Institut Català d'Oncologia (ICO), IDIBELL, Bellvitge Healthcare Campus, L'Hospitalet de Llobregat, Barcelona, Spain.
  • Thoracic/Head and Neck Medical Oncology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA.
  • Institut du Thorax Curie-Montsouris, Institut Curie/UVSQ, Paris, France.
  • Radiation Oncology, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan, Italy.
  • Department of Oncology, University of Milan, Milan, Italy.
  • Division of Thoracic Surgery, Department of Surgery, University of Virginia, Charlottesville, VA, USA.
  • Department of Radiotherapy and Radiation Oncology, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany.
  • Leeds Cancer Research UK Clinical Trials Unit, Leeds Institute of Clinical Trials Research, University of Leeds, Leeds, UK.
  • Department of Medical Oncology, Institut de Recerca Sant Pau (IR Sant Pau), Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain.
  • Medical Oncology, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Bologna, Italy.
  • Department of Medical and Surgical Sciences, University of Bologna, Bologna, Italy.
  • Medical Oncology Department, Hospital Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain.
  • Cancer Centre of Southeastern Ontario at Kingston General Hospital, Kingston, ON, Canada.
  • Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France.
  • Hôpital Saint Joseph, Marseille, France.
  • Division of Thoracic Oncology, European Institute of Oncology, IRCCS, Milan, Italy.
  • Department of Radiation Oncology, Stanford University, Stanford, CA, USA.
  • Division of Oncology, Department of Medicine, Stanford University, Stanford, CA, USA.
  • AstraZeneca, Wilmington, DE, USA.
  • AstraZeneca, Gaithersburg, MD, USA.
  • AstraZeneca, Cambridge, UK.
  • Department of Thoracic Surgery, McGill University, Montreal, QC, Canada.

技术路线

数据/样本：142例可切除或临界可切除NSCLC患者接受新辅助治疗（64.8%可切除，35.2%临界可切除） → 分析：描述性主要终点总体切除率（74.6%，95%CI 66.7-81.6），R0切除率96.2%（90.6-99.0），并报告无事件生存、无进展生存、病理完全缓解率、循环肿瘤DNA清除及安全性

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年，仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源：openalex更新时间：2026/10/29 12:33
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