A haplotype reference panel constructed from 490,319 UK Biobank genomes improves genotype imputation for global populations.
研究基于49,031名英国生物银行参与者的全基因组测序数据构建了基因型插补参考面板,并通过EagleImp和EagleImp-RAP在UKB研究分析平台内实现独立及云端定相与插补。该面板在除AMR外的所有全球超级人群及26个千人基因组计划亚人群中的25个中,定相切换错误率低于广泛使用的TOPMed r3面板(133,597人)。以MAE衡量,在次等位基因频率低至0.01%的变异中,5个超级人群中的4个和12个亚人群插补准确度提高;估计平方相关在所有5个超级人群和22个亚人群中进一步改善,东亚和南亚人群增益最大。对来自意大利、德国、西班牙和挪威的COVID-19全基因组关联研究数据重新插补表明,常见变异插补仍未饱和,可增强全基因组显著位点发现并改善精细定位分辨率。
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完整作者
Lars Wienbrandt、Christoph Prieß、Marcus Schmöhl、Volker Neff、Maria Gretsova、Guillermo Torres、Eike Matthias Wacker、Andre Franke、David Ellinghaus
作者机构
- Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany. l.wienbrandt@ikmb.uni-kiel.de.
- Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany.
- Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany. d.ellinghaus@ikmb.uni-kiel.de.
技术路线
全基因组测序数据(490,319名UKB参与者) → 构建基因型填充参考面板
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为什么值得关注
编辑短评该研究基于49万UKB全基因组测序构建填充参考面板,解决了现有面板跨人群精度不足的问题。其价值在于提升全球多人群填充准确性,并在COVID-19 GWAS重填充中显示常见变异填充尚未饱和,可增强位点发现与精细定位。