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公共数据库基础研究Zoological research

Repeated imiquimod challenge as an experimental model of psoriasiform inflammation and re-exposure associated reactivation.

0 次引用趋势数据不足

长期银屑病管理仍是全球难题。 repeated IMQ应用虽用于模拟银屑病炎症再激活,但其反映的是急性炎症放大还是组织驻留记忆相关特征尚不清楚。研究建立重复IMQ激发模型(IMQ-R),并与单疗程IMQ模型(IMQ-S)及人类银屑病皮损比较,采用bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析。结果显示,在末次诱导阶段,IMQ-R较IMQ-S更快再现皮肤炎症,并在既往受激发皮肤中表现炎症再激活特征,包括IL-17相关通路、TRM相关T细胞特征及预测的多细胞通讯模式。单细胞分析显示,IMQ-R细胞组成较IMQ-S更接近活动性人类银屑病皮肤,表现为角质形成细胞扩增、内皮细胞富集及T细胞群体相对保留;记忆相关标注的T细胞亚群(包括TCM和TRM)增加,尤其富集TRM17相关转录特征,并增强T细胞、角质形成细胞和髓系细胞间预测通讯(包括IL-17相关信号通路)。结论认为,重复IMQ激发可形成具有炎症加速再现及再暴露时TRM相关特征的银屑病样模型,传统急性IMQ模型未完全体现这些特征,该模型可用于研究重复激发后的炎症再激活及评估靶向皮肤记忆相关炎症程序的干预。

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完整作者

Xin Tong、Zhan Zhang、Zi-Hao Li、Cheng-Xin Li、Xu-Ming Zhou、Rui Wang

作者机构

  • Department of Dermatology, Chinese PLA General Hospital, Medical College of Chinese PLA, Beijing 100853, China.
  • Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China.
  • University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China.
  • Department of Dermatology, Chinese PLA General Hospital, Medical College of Chinese PLA, Beijing 100853, China. E-mail: chengxinderm@163.com.
  • Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China. E-mail: zhouxuming@ioz.ac.cn.
  • Department of Dermatology, Chinese PLA General Hospital, Medical College of Chinese PLA, Beijing 100853, China. E-mail: wr0699@163.com.

技术路线

['数据/样本:单次IMQ模型(IMQ-S)、重复IMQ挑战模型(IMQ-R)及人银屑病皮损', '分析:bulk RNA-seq与single-cell RNA-seq,比较炎症再激活特征、细胞组成、T细胞亚群及多细胞通讯预测']

最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/10/29 03:45
公共数据库基础研究The journal of gene medicine

Pan-Cancer Landscape of TMEM9 With Experimental Validation in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma.

暂无引用数据

跨膜蛋白9(TMEM9)与肿瘤进展相关,但其泛癌诊断、预后及免疫学意义尚未完全阐明。研究利用TCGA、GTEx及公共肿瘤数据库系统评估TMEM9的表达、诊断与预后价值、基因改变、功能状态及免疫关联,并在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)模型中通过Western blotting、集落形成、伤口愈合、Transwell及异种移植实验进行验证,同时在肾细胞癌(RCC)模型中进行探索性验证。结果显示,TMEM9在15个可评估癌队列中具有良好至高的诊断效能,CHOL(AUC=1.000)、KICH(0.970)、LIHC(0.949)、THYM(0.925)较高,BRCA亦具较强区分能力(AUC=0.890);其高表达与部分癌症不良生存相关,预后意义因肿瘤类型而异,并与癌症相关通路、功能状态、免疫细胞浸润及免疫调节基因表达呈背景依赖性关联。实验中,敲低TMEM9可抑制HNSC细胞集落形成、伤口闭合、迁移和侵袭,并抑制FaDu异种移植瘤生长;RCC探索模型亦见类似抑制效应。结论认为,TMEM9具有癌种依赖性的诊断、预后和免疫学关联,功能实验支持其在HNSC中发挥促肿瘤作用,RCC探索性实验提示该效应也可能见于特定肾癌细胞背景。

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AI 辅助短评,基于标题和摘要整理

该研究整合公共数据库系统描绘TMEM9泛癌诊断、预后与免疫关联,并在HNSC中通过敲低及多种功能实验提供促癌表型证据,设计层次较清晰。需注意诊断AUC源于公共队列,可能受样本构成与平台差异影响;预后关联呈癌种异质性。RCC结果仅为探索性,不能外推。结论宜限定于报告范围,泛癌免疫关联尚缺乏机制验证。

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Mi Wang、Shangyan Ying、Chunyan Weng、Youfeng Li

作者机构

  • Department of Emergency, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Internal Medicine of Traditional Chinese Medicine, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Gastroenterology, The First Affiliated Hospital of Zhejiang Chinese Medical University (Zhejiang Provincial Hospital of Chinese Medicine), Hangzhou, Zhejiang, China.
  • Department of Rehabilitation, Wenzhou TCM Hospital of Zhejiang Chinese Medical University, Wenzhou, Zhejiang, China.

技术路线

TCGA/GTEx及公共癌症数据库多癌种表达、诊断与预后分析、遗传改变、功能状态与免疫关联分析→HNSC模型Western blotting、克隆形成、划痕愈合、Transwell及异种移植实验验证(RCC模型探索性验证)

最近 5 个完整年度引用趋势

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数据来源:暂未标注更新时间:暂无更新时间
公共数据库临床研究The journal of gene medicine

Identification of a Glycosylation-Related Gene Prognostic Signature for Non-Small Cell Lung Cancer.

0 次引用趋势数据不足

通过识别和整合糖基化相关基因,构建非小细胞肺癌预后模型。基于TCGA的LUAD和LUSC RNA-seq数据,将糖基化相关基因与差异表达基因取交集,经Cox和LASSO回归筛选预后基因并建立风险模型,比较不同风险组免疫微环境及免疫治疗反应,构建miRNA-mRNA-转录因子网络并预测潜在药物。共识别134个差异表达糖基化相关基因,选取ADAMTS15、PCSK9、MUC2、B3GNT3等10个基因构建预后模型,该模型可作为独立预后因素,高风险患者免疫治疗反应较差。调控网络包含30个转录因子和142个miRNA,预测107对药物-靶点关系。ADAMTS15在NSCLC中表达升高,敲低后可抑制LUAD和LUSC细胞模型的增殖、迁移和侵袭。研究表明,基于糖基化相关基因的10基因预后模型及ADAMTS15的促癌作用,可为NSCLC预后评估和靶向治疗提供依据。

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技术路线

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最近 5 个完整年度引用趋势

0110202102022020230202402025

不含 2026 年,仅展示最近 5 个完整年度。

数据来源:openalex更新时间:2026/11/01 02:32
公共数据库方法学Nature genetics

A haplotype reference panel constructed from 490,319 UK Biobank genomes improves genotype imputation for global populations.

暂无引用数据

研究基于49,031名英国生物银行参与者的全基因组测序数据构建了基因型插补参考面板,并通过EagleImp和EagleImp-RAP在UKB研究分析平台内实现独立及云端定相与插补。该面板在除AMR外的所有全球超级人群及26个千人基因组计划亚人群中的25个中,定相切换错误率低于广泛使用的TOPMed r3面板(133,597人)。以MAE衡量,在次等位基因频率低至0.01%的变异中,5个超级人群中的4个和12个亚人群插补准确度提高;估计平方相关在所有5个超级人群和22个亚人群中进一步改善,东亚和南亚人群增益最大。对来自意大利、德国、西班牙和挪威的COVID-19全基因组关联研究数据重新插补表明,常见变异插补仍未饱和,可增强全基因组显著位点发现并改善精细定位分辨率。

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该研究基于49万UKB全基因组测序构建填充参考面板,解决了现有面板跨人群精度不足的问题。其价值在于提升全球多人群填充准确性,并在COVID-19 GWAS重填充中显示常见变异填充尚未饱和,可增强位点发现与精细定位。

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Lars Wienbrandt、Christoph Prieß、Marcus Schmöhl、Volker Neff、Maria Gretsova、Guillermo Torres、Eike Matthias Wacker、Andre Franke、David Ellinghaus

作者机构

  • Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany. l.wienbrandt@ikmb.uni-kiel.de.
  • Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany.
  • Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel, Germany. d.ellinghaus@ikmb.uni-kiel.de.

技术路线

全基因组测序数据(490,319名UKB参与者) → 构建基因型填充参考面板

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数据来源:暂未标注更新时间:暂无更新时间
公共数据库方法学Nucleic acids research

DiseaseCIO: a multi-omics atlas for characterizing clinical intervention outcomes across diverse diseases.

暂无引用数据

DiseaseCIO是一个整合微生物组、转录组和表观基因组数据与人类疾病干预结局的数据库,旨在在患者个体水平刻画与疾病干预结局相关的分子图谱。该数据库涵盖94种疾病状态的42 798份治疗前样本,涉及510种治疗方案、377种药物及非药物干预,样本包括来自8个采样地点的4种标本类型。研究采用定制的iMOD工作流处理多组学数据,生成20类分子特征,并识别出超过184万条候选特征-结局关联。DiseaseCIO还提供差异分析、预后评估、跨组学相关性分析、跨队列整合分析,以及用户提交特征集的富集分析和特征构建等交互工具。该数据库为探索不同疾病干预结局异质性及识别与治疗反应和预后相关的候选多组学生物标志物提供了分子层面资源。

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完整作者

Ruiyang Zhai、Te Ma、Mu Su、Hongli Wang、Ji Li、Jie Xing、Xianhe Huang、Peishen Yu、Junyao Qiu、Ting Liu、Xingjun Xiao、Yu Li、Yue Gu、Yan Zhang

作者机构

  • School of Life Science and Technology, Faculty of Life Sciences and Medicine, Harbin Institute of Technology, Harbin 150001, China.
  • College of Pathology, Qiqihar Medical University, Qiqihar 161042, China.
  • Department of Neurology, The Second Affiliated Hospital of Harbin Medical University, Harbin 150001, China.

技术路线

42,798份治疗前样本(94种疾病、510种治疗方案、377种干预、8个采样部位的4类标本,含微生物组/转录组/表观基因组数据) → 采用定制iMOD工作流进行多组学数据处理,生成20类分子特征,鉴定>184万候选特征-结局关联

最近 5 个完整年度引用趋势

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数据来源:暂未标注更新时间:暂无更新时间
公共数据库基础研究Nucleic acids research

MetabHub: an integrative platform for plasma nuclear magnetic resonance metabolomics using mediation analysis, disease prediction, and risk stratification.

暂无引用数据

MetabHub是一个基于个体级英国生物银行数据的网络资源,涵盖364 795名欧洲参与者、251项血浆核磁共振代谢特征、129项临床测量、54项环境暴露、全基因组变异及57种新发疾病。该平台构建了性别合并及性别特异性关联图谱,获得2 950 764个显著关联;采用两步筛选和自然效应模型识别出1 886 224条显著的临床测量、环境因素和基因型中介通路。平台还利用惩罚逻辑回归、XGBoost、LightGBM和多层感知机提供基于代谢物的新发疾病预测模型,并提供在线界面对用户上传数据进行预测。模型衍生的代谢组风险评分通过Cox回归和约14年随访的生存分层进行评估。平台支持全局搜索、交互可视化、表格下载、预测和分层模块,助力机制发现和基于代谢组学的精准预防。

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Jiahao Yuan、Xiaoxuan Gong、Chunwu Diao、Jiazhi Ren、Yingdan Wang、Aixi Bao、Ziyuan Jin、Xiuzhe Zhang、Chen Cao、Chunjian Li

作者机构

  • Department of Clinical Medicine, Nanjing Medical University Tianyuan Honors School, Nanjing Medical University, Nanjing, Jiangsu 211166, China.
  • Department of Cardiology, First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University, Nanjing, Jiangsu 210000, China.
  • Jiangsu Key Laboratory for Biomedical Electromagnetic Precision Theranostics, School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing, Jiangsu 210000, China.

技术路线

UK Biobank个体数据(364,795名欧洲参与者、251项血浆NMR代谢物、129项临床测量、54项环境暴露、全基因组变异、57种发病结局) → 性别合并及性别特异性关联分析、两步筛选与自然效应模型中介分析、惩罚逻辑回归/XGBoost/LightGBM/多层感知机发病预测建模

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数据来源:暂未标注更新时间:暂无更新时间
公共数据库临床研究PloS one

Elucidating the toxicogenomic mechanisms of DBP exposure on Hepatocellular carcinoma through network toxicology and molecular docking analysis.

暂无引用数据

本研究采用网络毒理学与生物信息学方法,探讨邻苯二甲酸二丁酯(DBP)参与肝细胞癌(HCC)发病的分子机制。通过ADMETLAB 3.0和ProTox3评估DBP致癌潜力,从ChEMBL、SwissTargetPrediction和PharmMapper获取DBP相关靶点,从GeneCards和OMIM获取HCC相关靶点,经Venn分析识别出242个重叠基因。PPI网络分析确定KRAS、GRB2、ESR1、HSP90AA1、SRC、EGFR和TP53共7个枢纽基因,富集分析显示其显著参与癌症相关通路。TCGA与GEO数据验证GRB2、ESR1、HSP90AA1和SRC在HCC组织中显著失调并与患者生存相关,预后模型预测准确性良好。单细胞分析显示ESR1(肝细胞)和HSP90AA1(免疫细胞)呈特异性表达模式。分子对接显示DBP与ESR1和HSP90AA1稳定结合,结合能分别为-6.8和-6.1 kcal/mol,分子动力学模拟支持复合物稳定性,范德华力为主要结合力。研究提示DBP暴露可能通过调控核心基因和通路参与HCC发病,但结果仅为关联性,尚需实验验证;ESR1和HSP90AA1等枢纽基因可作为潜在生物标志物和靶点。

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完整作者

Dafei Dai、Nianzhao Yang、Fubao Liu、Xiaopeng Chen

作者机构

  • Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Anhui Medical University, Hefei, Anhui, China.
  • Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Wannan Medical College (Yijishan Hospital of Wannan Medical College), Wuhu, Anhui, China.

技术路线

数据/样本:ChEMBL、SwissTargetPrediction、PharmMapper获取DBP相关靶点,GeneCards、OMIM获取HCC相关靶点;TCGA-LIHC与GEO GSE39791用于表达验证和生存分析;GSE299340单细胞数据;ADMETLAB 3.0与ProTox3评估致癌潜力。分析:Venn分析重叠基因;STRING构建PPI网络,Cytoscape识别hub基因;DAVID进行GO/KEGG富集;构建预后列线图;Seurat分析单细胞表达。验证:分子对接与分子动力学模拟评估DBP与核心靶点结合稳定性(原文为计算模拟,非实验验证)。

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公共数据库基础研究Science advances

A systematic pan-cancer analysis of intratumoral microbiota-derived epitopes to inform cancer immunotherapy and prevention.

暂无引用数据

基于对1190份样本、涵盖24种癌症类型的泛癌分析,构建了肿瘤内微生物表位图谱。分析显示,微生物表位较人类表位具有更高的疏水性、脂肪族指数和稳定性;9种HLA-I等位基因倾向结合微生物表位,其中HLA-C等位基因呈递微生物表位的倾向强于HLA-A和HLA-B。能够产生HLA-I表位的微生物物种在肿瘤中更为普遍,广泛检测到的表位跨越更多癌症类型,多个微生物属可产生大量免疫原性表位。同源微生物表位与肿瘤抗原可引发交叉反应性T细胞应答,实验证据表明微生物表位具有增强的免疫原性和抗肿瘤效力。研究结果为微生物表位疫苗开发奠定基础,为癌症预防和治疗提供思路。

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Donghao Li、Hao Wang、Jiyu Guo、Feng Leng、Xinran Zhi、Manyu Gong、Mengqian Zeng、Kefan Liu、Yuhong Sun、Yongsheng Li、Ying Zhang、Juan Xu

作者机构

  • State Key Laboratory of Frigid Zone Cardiovascular Diseases (SKLFZCD), College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Harbin, Heilongjiang Province 150081, China.
  • State Key Laboratory of Frigid Zone Cardiovascular Diseases (SKLFZCD), Department of Pharmacology (StateKey Laboratory-Province Key Laboratories of Biomedicine-Pharmaceutics of China, Key Laboratory of Cardiovascular Research, Ministry of Education), College of Pharmacy, Harbin Medical University, Harbin 150081, China.
  • School of Interdisciplinary Medicine and Engineering, Heilongjiang Academy of Medical Science, Harbin Medical University, Harbin 150081, China.
  • Third Ward of Obstetrics and Gynecology, The Second Affiliated Hospital of Harbin Medical University, Harbin, Heilongjiang Province 150086, China.

技术路线

数据/样本:来自24种癌症类型、1190份样本的肿瘤内微生物表位景观构建;分析:泛癌表位特征比较(疏水性、脂肪族指数、稳定性)、HLA-I等位基因结合倾向分析、微生物物种/表位在肿瘤中的分布与跨度分析;验证:原文报告同源微生物表位与肿瘤抗原诱导交叉反应性T细胞应答,且实验证据显示微生物表位具有增强的免疫原性和抗肿瘤效力(未提供具体实验细节)。

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公共数据库临床研究Neurology

Proximity to Water Pollutant Facilities and Risk of Incident Progressive Supranuclear Palsy: Nested Case-Control Study of the UK Biobank.

暂无引用数据

英国生物银行前瞻性队列嵌套病例对照研究比较221例新发进行性核上性麻痹(PSP)患者(平均年龄63.0岁,女性41.2%)与2249名年龄、性别匹配对照,依据基线住址与欧洲污染物释放和转移登记册所列设施的距离评估暴露。经错误发现率校正后,住址靠近排放重金属(OR 1.38,95%CI 1.03–1.85)、农药(OR 1.66,95%CI 1.12–2.46)、其他有机污染物(OR 1.52,95%CI 1.13–2.04)及其他无机污染物(OR 1.60,95%CI 1.19–2.15)的设施与新发PSP风险升高相关;风险随距离增大(5–10 km)呈线性下降,居住超过40年者重金属及有机、无机污染物相关风险升高,较短居住时间未见此关联。结论认为,住宅邻近排放水污染物的设施与新发PSP相关,可能存在距离依赖和持续时间依赖关系,提示环境水污染物或参与PSP发病。

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Charlie Weige Zhao、Christopher D Stephen、Marian L Dale、Alexander Pantelyat、Maria Carmela Tartaglia、Ruth B Schneider、David G Coughlin、Federico Rodriguez-Porcel、Tao Xie、Burton Scott、Douglas Gunzler、Lawrence I Golbe、James B Rowe、Irene Litvan、Zoltan Mari、Anne-Marie A Wills

作者机构

  • Department of Neurology, Mass General Brigham, Boston, MA.
  • Harvard Medical School, Boston, MA.
  • Department of Neurology, Oregon Health and Science University, Portland.
  • Department of Neurology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD.
  • Tanz Centre for Research in Neurodegenerative Diseases, University of Toronto, Ontario, Canada.
  • Memory Cinic, University Health Network, Toronto, Ontario, Canada.
  • Department of Neurology and Center for Health & Technology, University of Rochester, NY.
  • Department of Neurosciences, University of California San Diego.
  • Department of Neurology, Medical University of South Carolina, Charleston.
  • Department of Neurology, University of Chicago Medicine, IL.
  • Duke University, Durham, NC.
  • Case Western Reserve University, Cleveland, OH.
  • MetroHealth System, Cleveland, OH.
  • Rutgers Robert Wood Johnson Medical School, New Brunswick, NJ.
  • CurePSP Inc., New York, NY.
  • Department of Clinical Neurosciences, MRC Cognition and Brain Sciences Unit, Cambridge, United Kingdom.
  • Cambridge University Hospitals NHS Trust, University of Cambridge, United Kingdom; and.
  • Cleveland Clinic Lou Ruvo Center for Brain Health, Las Vegas, NV.

技术路线

UK Biobank前瞻性队列嵌套病例对照(221例 incident PSP 与2249例年龄性别匹配对照) → 按基线居住地与欧洲PRTR水体污染物排放设施邻近度分组

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公共数据库临床研究The journal of nutrition, health & aging

Association between plasma docosahexaenoic acid levels and the incidence of frailty: A prospective analysis of the UK Biobank.

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英国生物银行前瞻性队列研究纳入38,577名40~69岁非衰弱成人,随访最长13年,采用核磁共振测定血浆总n-3多不饱和脂肪酸(PUFA)、DHA及非DHA n-3 PUFA水平,以5项标准中至少3项定义衰弱,并用Cox比例风险模型分析。中位随访9.37年,1,024人发生衰弱。校正混杂因素后,血浆DHA水平与衰弱发生率呈负相关(每五分位间距HR 0.82,95%CI 0.69~0.97,P=0.019),且与低体力活动和疲惫两项标准的发生率呈负相关;非DHA n-3 PUFA(HR 0.98,95%CI 0.83~1.16)及总n-3 PUFA(HR 0.91,95%CI 0.77~1.07)与衰弱发生率无显著关联。结论提示,衰弱发生率与血浆DHA水平呈负相关,而与其他n-3 PUFA水平无关。

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完整作者

Yewon Ahn、Jason Westra、Nathan Tintle、William S Harris、Yongsoon Park

作者机构

  • Department of Food and Nutrition, Hanyang University, Seoul, Republic of Korea.
  • The Fatty Acid Research Institute, Sioux Falls, SD, United States.
  • The Fatty Acid Research Institute, Sioux Falls, SD, United States; Department of Population Health Nursing Science, College of Nursing, University of Illinois-Chicago, Chicago, IL, United States.
  • The Fatty Acid Research Institute, Sioux Falls, SD, United States; Department of Internal Medicine, Sanford School of Medicine, University of South Dakota, Sioux Falls, SD, United States.
  • Department of Food and Nutrition, Hanyang University, Seoul, Republic of Korea; The Fatty Acid Research Institute, Sioux Falls, SD, United States. Electronic address: yongsoon@hanyang.ac.kr.

技术路线

数据/样本:英国生物银行前瞻性队列中38,577名40-69岁非衰弱成人,2006-2010年入组,随访最长13年;核磁共振测定血浆总n-3多不饱和脂肪酸(PUFA)、DHA及非DHA n-3 PUFA水平;衰弱定义为5项标准中至少满足3项。分析:采用Cox比例风险模型,校正人口学、病史及其他潜在混杂因素后,评估血浆DHA等n-3 PUFA水平与衰弱发生及单项衰弱标准发生的关联。

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